Dalsze losy lekarzy prestiżowego szpitala św. Bonawentury w Kalifornii. Dr Shaun Murphy jest młodym chirurgiem, u którego zdiagnozowano autyzm. Nie przeszkadza mu to jednak być wybitnym specjalistą w swojej dziedzinie.
Andrews, nowy dyrektor szpitala św. Bonawentury, dokonuje oceny rezydentów. Dla Jareda to ostatni dzień pracy i postanawia go spędzić z Shaunem w objazdowej przychodni dla bezdomnych. Lekarz u jednego z jej bywalców podejrzewa zapalenie opon mózgowych i postanawia przywieźć do szpitala na punkcję.
Na podstawie niepozornego objawu Shaun rozpoznaje u salowego raka trzustki. Meléndez uważa jednak, że jego diagnoza nie jest słuszna. Mimo wszystko zleca Paulowi zrobić wszystkie badania.
W wyniku błędu w grafiku Shaun i Morgan muszą pełnić 36-godzinny dyżur. Lim jednak oświadcza, że musi się zająć prywatnymi sprawami, i prosi o telefon w razie absolutnej konieczności. Kiedy w szpitalu pojawia się chłopiec z zaklinowaną w ustach żarówką, rezydenci postanawiają zasięgnąć rady szefowej.
Shaun chce naprawić stosunki z Leą. Glassman po operacji doświadcza wizji. Ukazuje mu się zmarła córka. Chirurdzy zajmują się młodą alpinistką, która spadła ze ściany, oraz upośledzonym chłopakiem.
Lea uważa, że nie powinna mieszkać razem z Shaunem, gdyż to może zniszczyć ich przyjaźń. Tymczasem do szpitala trafia pacjentka cierpiąca na anoreksję i poważne problemy kardiologiczne. Skrajne niedożywienie znacznie zwiększa ryzyko operacji zastawki serca. Lekarze wszelkimi sposobami starają się skłonić Louisę, by zaczęła jeść. Doktor Murphy zauważa bąbelki w moczu jednego z pacjentów. Mężczyzna mówi, że przed laty wykonano u niego by-pass żołądkowy z powodu otyłości. Wyznaje także, że zataił ten fakt przed swoim partnerem, i prosi lekarzy o dyskrecję. Objawy jednak wskazują na poważną chorobę i utrzymanie tajemnicy zaczyna bardzo trudne. Shaun niepokoi się także o zdrowie Glassmana.
Perfekcjonizm i natręctwa Shauna stają się dla Lei nie do zniesienia. Tymczasem pogotowie przywozi nastolatkę z nawracającymi krwotokami z nosa. Okazuje się, że Riley miewała też inne dolegliwości, ale pediatrzy nigdy nie doszukali się niepokojących odchyleń od normy. Glassmana odwiedza Debbie, wolontariuszka, która dostarcza mu jedzenie ze szpitala.
Dr Lim, Shaun i Morgan zajmują się chorym, który pilnie potrzebuje przeszczepu nerki. Idealnym kandydatem na dawcę wydaje się brat pacjenta. Doktor Glassman cierpi po operacji na zaniki pamięci.
Lim, Shaun i Claire zajmują się małżeństwem poszkodowanym w wypadku samochodowym. Morgan i Park, przygotowując nastolatka do zabiegu laparoskopowego, zauważają u niego sztywność karku. Wychodzi na jaw, że Finn nigdy nie był szczepiony. Glassman prosi Shauna o pomoc w sprawdzeniu, czy ma zaniki pamięci.
Do szpitala trafia młody mężczyzna z udarem. Przyczyną dolegliwości okazuje się lek antyandrogenny, lecz pacjent nie zamierza go odstawić. Claire domyśla się, z jakiego powodu George bierze silny, szkodzący mu specyfik. Tymczasem Andrews musi obsadzić stanowisko szefa chirurgii. Park organizuje wśród lekarzy zakłady o to, kto otrzyma awans.
W Wigilię pogotowie przywozi z lotniska dwie osoby z podejrzaną wysypką. Młody mężczyzna szybko umiera, a druga pacjentka, Marianne, potwierdza, że oboje przylecieli z Malezji. Melendez przygotowuje młodego mężczyznę chorego na białaczkę do przeszczepu szpiku. Parka odwiedza nastoletni syn Kellan.
Po badaniu Glassman i Lea jadą do szpitala Świętego Bonawentury, gdzie wciąż trwa kwarantanna. Doktor nie chce, by Shaun dowiedział się, że ma nawrót nowotworu. Tymczasem Pete dostaje wstrząsu hipoglikemicznego, a Kellan ataku duszności. Krzyki przerażonych ludzi powodują, że Shaun zamyka się w sobie i przestaje reagować na otoczenie. Ciężarnej Violi odchodzą wody i trzeba pilnie odebrać poród.
Lekarze dochodzą do siebie po niedawnym kryzysie. Park proponuje byłej żonie, żeby została z nim i Kellanem do końca weekendu. Morgan zaprasza zaskoczoną Claire do restauracji. Lim daje Melendezowi do zrozumienia, że wspólna noc nic dla niej nie znaczyła. Tymczasem z polecenia gubernatora Wydział Zdrowia przeprowadza w placówce kontrolę.
Karetka przywozi nieprzytomną kobietę bez wyczuwalnego tętna i z płaską linią w zapisie EKG. Przybyła do placówki córka podaje dane lekarza z Pekinu, który leczył Sunny. Po pewnym czasie zjawia się druga córka, która twierdzi, że nie ma siostry. Lana i odwiedzający ją Javi cierpią na autyzm. Morgan uważa, że obecność chłopaka przed zabiegiem podziała na pacjentkę kojąco. Glassman stara się ukryć przed Shaunem działania niepożądane chemioterapii, a Lea fakt, że Jake spędza z nią noce.
Shaun całą noc czuwa przy Glassmanie i nazajutrz nie idzie do pracy. Ten uskarża się na mdłości i nudę. Postanawia zażyć medyczną marihuanę. Murphy, w ramach eksperymentu, również postanawia spróbować. Gdy chirurdzy omawiają kolejną operację u Molly, nastolatki z koszmarnie oszpeconą twarzą, do szpitala trafia inna młoda dziewczyna, ofiara wypadku komunikacyjnego.
W szpitalu pojawia się nowy szef chirurgii, doktor Han. Poleca on Melendezowi kompleksowo zbadać zamożnego przedsiębiorcę, Minesha. Jeden z testów uwidacznia guz w okolicy kręgosłupa.
Doktor Jackson Han, nowy szef chirurgii, uważa, że Murphy jest kłopotem dla jego działu. Szuka sposobu, aby pozbyć się go.
Doktor Murphy robi wszystko, aby wziąć udział w trudnym zabiegu usunięcia guza. Niestety utrudnia mu to doktor Han, który usunął go z zespołu chirurgów. Shaun wykorzystuje swój talent podczas diagnozy obrażeń noworodka.
Murphy wdaje się w bójkę. Trafia do szpitala św. Bonawentury. Alex nie zgadza się z dr Lim w kwestii diagnozowanej choroby u starszej kobiety. Jego zdaniem objawy wskazują na inną dolegliwość.